“十一五”以来,医院共获得科研项目893项,经费超过4亿元,其中获得“973计划”1项、全军科研重大项目1项、“十一五”科技支撑计划2项、科技部重大新药创新专项10项、“863计划”4项、卫生部行业基金1项、国家自然科学基金270项;获得省部级二等以上各类科技成果64项,其中国家科技进步一等奖1项,国家科技进步二等奖9项,获得何梁何利科技与进步奖3项;发表SCIE收录论文1454篇,总影响因子4041分,其中10以上论著10篇,3篇论文被《全国百篇最有影响学术论文》,3篇论文被评为全国百篇优秀博士论文;举办的多项大型国际学术会议已成为业界品牌。创办了《中华胰腺病杂志》、《中西医结合学报》、《药学服务与研究》、《Journal of Interventional Gastroenterology》四本学术期刊。